Я почти ничего не понимаю в вычислительной биологии, но прогресс технологий впечатляет — группа ученых из Университета Вашингтона и Microsoft Research "собрала" вычислительную плату из синтетических фрагментов ДНК. https://www.microsoft.com/en-us/research/blog/researchers-build-nanoscale-computational-circuit-boards-dna/ #computational #biology #dna #circuit
Microsoft Research
Researchers build nanoscale computational circuit boards with DNA - Microsoft Research
By Microsoft Research Human-engineered systems, from ancient irrigation networks to modern semiconductor circuitry, rely on spatial organization to guide the flow of materials and information. Living cells also use spatial organization to control and accelerate…
В нескольких американских околонаучных медиа вышла новость о том, что ИИ воссоздал с нуля периодическую систему элементов. Несколько интересных моментов:
1. Группа исследователей из Стэнфорда решила проверить, что будет, если в механике word2vec заменить в учебной выборке предложения на химические формулы, рассматривая отдельные химические элементы, как слова. В результате получился проект Atom2vec. (Анонс: https://news.stanford.edu/press-releases/2018/06/25/ai-recreates-chemistrys-periodic-table-elements)
2. Как следствие, сеточка научилась самостоятельно выводить классы близости элементов, например, предсказывая, что калий и натрий - похожие по свойствам элементы, способные оброзовывать соединения с хлором. Это позволило пиарщикам раструбить мысль о воссоздании периодической системы, что, конечно, не так. Например, Менделееву в свое время хватило ума не только упорядочить известные элементы, но и предположить существование еще не открытых так, где образовывались пробелы.
3. Тем не менее, сама мысль, что простая нейронная сеть может выводить скрытые связи, близость элементов и т.п. просто по анализу существующих наблюдений, очень крута. В случае с химическими элементами сеточка смогла "вывести" наличие нескольких "свойств" атомов -- измерений в многомерных векторах, по которым можно делать группировку элементов. Например, явно выделяются кластеры щелочных и щелочноземельных металлов, или можно наблюдать корреляцию с увеличением валентности элементов. (Технические детали: http://www.pnas.org/content/early/2018/06/25/1801181115)
4. Насколько я могу судить по результатам быстрого поиска, подобные техники начали активно использоваться в том числе для предсказания возможных свойств новых соединений. Вот, например, немецкий проект Mol2vec, направленный как раз на эту задачу: https://github.com/samoturk/mol2vec (кстати, по внешним признакам, кажется, что это очень похоже на американскую работу, но не так распиарено).
5. Также это хорошо согласуется с темой векторного представления различных соединений, белковых последовательностей и т.п. + описания "отпечатков" соединений. См., например, проект Deep Proteomics: https://github.com/ehsanasgari/Deep-Proteomics
#ai #ml #chemistry #biology #genetics #deep #learning
1. Группа исследователей из Стэнфорда решила проверить, что будет, если в механике word2vec заменить в учебной выборке предложения на химические формулы, рассматривая отдельные химические элементы, как слова. В результате получился проект Atom2vec. (Анонс: https://news.stanford.edu/press-releases/2018/06/25/ai-recreates-chemistrys-periodic-table-elements)
2. Как следствие, сеточка научилась самостоятельно выводить классы близости элементов, например, предсказывая, что калий и натрий - похожие по свойствам элементы, способные оброзовывать соединения с хлором. Это позволило пиарщикам раструбить мысль о воссоздании периодической системы, что, конечно, не так. Например, Менделееву в свое время хватило ума не только упорядочить известные элементы, но и предположить существование еще не открытых так, где образовывались пробелы.
3. Тем не менее, сама мысль, что простая нейронная сеть может выводить скрытые связи, близость элементов и т.п. просто по анализу существующих наблюдений, очень крута. В случае с химическими элементами сеточка смогла "вывести" наличие нескольких "свойств" атомов -- измерений в многомерных векторах, по которым можно делать группировку элементов. Например, явно выделяются кластеры щелочных и щелочноземельных металлов, или можно наблюдать корреляцию с увеличением валентности элементов. (Технические детали: http://www.pnas.org/content/early/2018/06/25/1801181115)
4. Насколько я могу судить по результатам быстрого поиска, подобные техники начали активно использоваться в том числе для предсказания возможных свойств новых соединений. Вот, например, немецкий проект Mol2vec, направленный как раз на эту задачу: https://github.com/samoturk/mol2vec (кстати, по внешним признакам, кажется, что это очень похоже на американскую работу, но не так распиарено).
5. Также это хорошо согласуется с темой векторного представления различных соединений, белковых последовательностей и т.п. + описания "отпечатков" соединений. См., например, проект Deep Proteomics: https://github.com/ehsanasgari/Deep-Proteomics
#ai #ml #chemistry #biology #genetics #deep #learning